Emajõgi ehk Suur Emajõgi Võrtsjärvest Peipsini oli 1927. aasta andmetel 117 kilomeetrit pikk, pärast õgvendamisi on ta lühenenud 100 kilomeetrini.

Emajõgi on ainuke täies ulatuses laevatatav jõgi Eestis.

Emajõel on 12 lisajõge: vasakkaldal Pedja, Laeva, Amme ja Koosa; paremkaldal Kavilda, Elva, Ilmatsalu, Porijõgi, Mudajõgi, Luutsna, Ahja ja Agali. Lisajõgedest on osaliselt laevatatavad Elva, Pedja ja Ahja. Jõkke voolab veel ligikaudu 35 kraavi ja oja.

Jõesängi laius on 40–100 meetrit ja jõe sügavus enamasti 2–4 meetrit, kohati kuni 10 meetrit.

Jõe keskmine voolukiirus on 3,7 km/h.

Emajõgi kogub oma veed 9960 ruutkilomeetri suuruselt valgalalt, mis moodustab ligikaudu 22% Eesti pindalast.